Op 9 oktober 2012 zit Malala in de bus vanaf school, ze zijn onderweg naar huis wanner er opeens een talibanstrijder tevoorschijn komt. Hij pleegt een doelgerichte aanslag op Malala, hierbij raakt ze zwaargewond. Ze word in haar hals en hoofd geraakt door een kogel.

In het ziekenhuis van Rawalpindi word de kogel uit haar hoofd gehaald. De Taliban dreigde met het feit dat ze haar alsnog om zouden brengen, maar tot op heden is dat nog niet gebeurd.

Op 15 oktober word ze overgevolgen naar Engeland, hier krijgt ze een verdere specialistische behandeling in Queen Elizabeth Hospital in Birmingham. Ook word ze hier naartoe gevolgen omdat ze op deze plek veiliger is voor de Taliban. Haar vader krijgt een baan in Engeland, zo kunnen Malala, haar ouders en haar broertjes gewoon samen blijven. 

In januari 2013 word ze ontslagen uit het ziekenhuis, maar begin februari gaat ze opnieuw naar Birmingham. Een deel van haar schedel is nog steeds niet volledig geheeld en deze word gerepareerd met en prothese van titanium. Op de 8e van februari verlaat ze definitief het ziekenhuis.